Ar ôl rhwystro cynllun Bowser i orfodi Princess Peach i briodi, mae Mario a Luigi yn wynebu bygythiad newydd: Bowser Jr., sy’n benderfynol o ryddhau ei dad o’r carchar ac adfer etifeddiaeth y teulu.

Yng nghwmni cynghreiriaid cyfarwydd a chyfeillion newydd, mae’r brodyr yn teithio ar draws y sêr i atal yr etifedd uchelgeisiol.